Ogni struttura Cisl è diretta e gestita da organi previsti dallo Statuto.
Tutti gli organi sono elettivi e le cariche sono pro-tempore.
Gli organi sono: la Segreteria, il Comitato Esecutivo, il Consiglio Generale.
I dirigenti eletti che hanno un rapporto di lavoro o che percepiscono un compenso dalla Cisl hanno l’obbligo di pubblicarne l’importo.
Sono invece organi collegiali (obbligatori per le strutture regionali e nazionali) il Collegio dei Revisori dei Conti ed il Collegio dei Probiviri che non possono avere nessun rapporto con la Cisl se non da semplice iscritto.